O Atlas Nacional do Brasil 2000 foi a primeira publicação desse tipo elaborada em ambiente digital no IBGE, constituindo, desse modo, uma referência temporal importante em termos de produção da série Atlas Nacional do Brasil na Instituição. Dentro de uma visão abrangente na qual não cabe a exigência de uma explicação única perante um complexo processo social que tem diversos efeitos no território, a estruturação dessa edição do Atlas Nacional do Brasil tem por base a ordenação de temas segundo grandes questões nacionais previamente formuladas. Essas questões pretendem romper com a tradicional ordenação temática portadora, por vezes, de uma visão fragmentada da realidade territorial do País. Nesse sentido, foram elencadas as seguintes questões: O Brasil e a geopolítica mundial; Configuração política do espaço brasileiro; Geografia Ambiental do Brasil; Desmatamento e Alterações do Balança Hídrico da Bacia Amazônica; Dinâmica da População Brasileira; Mudanças no Espaço Econômico; Reestruturação do Espaço Agrário; Questão Urbana; Perfil da Saúde; Perfil da Educação e Logística do Espaço Brasileiro: as redes geográficas. O Atlas Nacional do Brasil 2000 tem um texto introdutório de autoria do geógrafo Milton Santos intitulado A dinâmica territorial brasileira, hoje.